Η ενεργητική ασφάλεια βασίζεται στην ομπρέλα συστημάτων Toyota Safety Sense, η οποία περιλαμβάνει το εξελιγμένο σύστημα αποφυγής πρόσκρουσης. Αυτό το σύστημα χρησιμοποιεί έναν συνδυασμό κάμερας και ραντάρ για την ανίχνευση οχημάτων, πεζών και ποδηλατών, λειτουργώντας αποτελεσματικά ακόμα και κατά τις νυχτερινές ώρες.
Επιπλέον, το μοντέλο διαθέτει Adaptive Cruise Control που προσαρμόζει αυτόματα την ταχύτητα και την απόσταση, καθώς και σύστημα Υποβοήθησης Διατήρησης Λωρίδας που αποτρέπει την ακούσια παρέκκλιση από την πορεία.
Η υβριδική μηχανή συμβάλλει επίσης στην ασφαλή οδήγηση μέσω της άμεσης απόκρισης και της γραμμικής επιτάχυνσης, προσφέροντας στον οδηγό τον απαραίτητο έλεγχο σε κρίσιμες αστικές μετακινήσεις.

Στον τομέα της παθητικής ασφάλειας, το Aygo X είναι χτισμένο πάνω στην πλατφόρμα GA-B, η οποία εξασφαλίζει υψηλή στρεπτική ακαμψία και αποτελεσματική απορρόφηση της ενέργειας σε περίπτωση σύγκρουσης.
Το αμάξωμα έχει σχεδιαστεί με στρατηγικές ενισχύσεις για την προστασία της καμπίνας των επιβατών, ενώ ο βασικός εξοπλισμός περιλαμβάνει τουλάχιστον έξι αερόσακους και προηγμένα συστήματα συγκράτησης.
Οι δοκιμές του Euro NCAP επιβεβαιώνουν την καλή προστασία των ενηλίκων και των παιδιών, με ιδιαίτερη έμφαση στην προστασία του αυχένα από τραυματισμούς τύπου whiplash. Παρά το μικρό του μέγεθος, η δομή του οχήματος παραμένει σταθερή στις μετωπικές και πλευρικές συγκρούσεις, προσφέροντας ένα ολοκληρωμένο δίχτυ προστασίας.

Σύμφωνα με τα αποτελέσματα των δοκιμών του Euro NCAP για το 2025, το Toyota Aygo X 1.5 HEV επιτυγχάνει υψηλές επιδόσεις στην ενεργητική και παθητική ασφάλεια, συγκεντρώνοντας βαθμολογία 73% στην προστασία ενηλίκων και 83% στους ευάλωτους χρήστες του δρόμου.
Η παθητική του προστασία βασίζεται σε ένα στιβαρό αμάξωμα που παραμένει σταθερό σε μετωπικές συγκρούσεις, ενώ προσφέρει μέγιστη βαθμολογία στην προστασία από πλευρικές προσκρούσεις.
Διαθέτει στάνταρ έξι αερόσακους, προεντατήρες ζωνών και σύστημα eCall για αυτόματη ειδοποίηση των υπηρεσιών έκτακτης ανάγκης. Ωστόσο, η προστασία για τον θώρακα του οδηγού κρίθηκε οριακή και η προστασία των κάτω άκρων ασθενής, ενώ η απουσία κεντρικού αερόσακου επηρέασε την προστασία σε περίπτωση επαφής μεταξύ των εμπρός επιβατών.

Η ασφάλεια είναι προτεραιότητα για όλα τα μοντέλα Toyota, και το νέο Aygo X επωφελείται από το κορυφαίο στην κατηγορία πακέτο Toyota Safety Sense, που παρέχεται ως στάνταρ εξοπλισμός. Εκτός από τα βασικά χαρακτηριστικά του Toyota Safety Sense, το νέο Aygo X διαθέτει και αναβαθμισμένο Pre-Collision System, που μειώνει τον κίνδυνο ατυχημάτων. Με έναν αισθητήρα κάμερας και αισθητήρα ραντάρ χιλιοστομετρικού κύματος, εντοπίζει πιο αποτελεσματικά μοτοσικλέτες, αντίθετα κινούμενα οχήματα και πεζούς σε διασταυρώσεις.
Σε περίπτωση ενδεχόμενου κινδύνου κατά τη διάρκεια μιας στροφής, το σύστημα εκπέμπει αυτόματα ηχητικές και οπτικές προειδοποιήσεις, ενώ το Pre-Collision Brake Assist παρέχει επιπλέον δύναμη πέδησης όταν πατηθεί το πεντάλ. Αν ο κίνδυνος μετωπικής σύγκρουσης είναι πολύ υψηλός, τα φρένα ενεργοποιούνται αυτόματα. Πρόσθετη προληπτική υποστήριξη παρέχει η νέα λειτουργία Acceleration Suppression, που περιορίζει την απότομη επιτάχυνση σε χαμηλές ταχύτητες όταν ανιχνεύεται κίνδυνος σύγκρουσης.

Παράλληλα, το Emergency Steering Assist επεμβαίνει σε περίπτωση απότομου ελιγμού για την αποφυγή εμποδίου, ενισχύοντας τη σταθερότητα του οχήματος και αποτρέποντας την έξοδο από τη λωρίδα. Το Road Sign Assist έχει αναβαθμιστεί επιτρέποντας στον οδηγό να προσαρμόζει τον περιοριστή ταχύτητας σύμφωνα με τις πληροφορίες των πινακίδων κυκλοφορίας με το πάτημα ενός μπουτόν.
Το Adaptive Cruise Control έχει επίσης αναβαθμιστεί με πλήρη λειτουργικότητα, για πιο άνετη οδήγηση στον αυτοκινητόδρομο. Με ένα πάτημα στο μπουτόν του τιμονιού, το σύστημα διατηρεί την επιθυμητή ταχύτητα και απόσταση από τα προπορευόμενα οχήματα, προσαρμόζοντας την ταχύτητα ανάλογα και ακινητοποιώντας πλήρως όταν χρειάζεται.